Molekuláris desztillációegy speciális folyadék-folyadék elválasztási technológia, amely eltér a hagyományos desztillációtól, amely a forráspontkülönbség-elválasztás elvén alapul. Ez egy hőérzékeny vagy magas forráspontú anyagok desztillációja és tisztítása, a molekulamozgás szabad útvonalának különbségével nagy vákuumban. Főleg vegyi, gyógyszerészeti, petrolkémiai, fűszer-, műanyag- és olaj- és egyéb ipari területeken használják.
Az anyagot a betápláló edényből a fő desztillációs köpenyes elpárologtatóba továbbítják. A forgórész forgásával és folyamatos melegítéssel az anyagfolyadék rendkívül vékony, turbulens folyadékfilmmé kaparódik, és spirál alakban nyomódik lefelé. A leereszkedés során az anyagfolyadékban lévő könnyebb (alacsony forráspontú) anyag párologni kezd, a belső kondenzátorba kerül, és a könnyű fázis fogadólombikjába áramló folyadékká válik. A nehezebb anyagok (pl. klorofill, sók, cukrok, viaszos stb.) nem párolognak el, hanem a fő elpárologtató belső fala mentén befolynak a nehézfázisú fogadó lombikba.