Molekuláris desztillációegy speciális folyadék-folyadék elválasztási technológia, amely eltér a hagyományos desztillációtól, amely a forráspontkülönbség-elválasztás elvén alapul.Ez a hőérzékeny anyagok vagy magas forráspontú anyagok desztillációjának és tisztításának folyamata a molekula mozgásának szabad útjában lévő különbségek felhasználásával nagy vákuumban.Főleg vegyi, gyógyszerészeti, petrolkémiai, fűszer-, műanyag- és olaj- és egyéb ipari területeken használják.
Az anyagot a betápláló edényből a fő desztillációs köpenyes elpárologtatóba továbbítják.A forgórész forgásával és folyamatos melegítéssel az anyagfolyadék rendkívül vékony, turbulens folyadékfilmmé kaparódik, és spirál alakban nyomódik lefelé.A leereszkedés során az anyagfolyadékban lévő könnyebb (alacsony forráspontú) anyag párologni kezd, a belső kondenzátorba kerül, és a könnyű fázis fogadólombikjába áramló folyadékká válik.A nehezebb anyagok (pl. klorofill, sók, cukrok, viaszos stb.) nem párolognak el, hanem a fő elpárologtató belső fala mentén befolynak a nehézfázisú fogadó lombikba.